Служба за микробиолошку дијагностику је организациона јединица Института која се бави клиничком микробиологијом и имунологијом. Клиничка микробиологија има јединствену улогу везану за успешно лечење инфективних болести. Дијагностички поступци и добијени резултати испитивања значајни су за постављане етиолошке дијагнозе, те рационалну и ваљану антибиотску терапију.

Микробиолошка испитивања клиничких узорака се раде у складу са међународним стандардом за медицинске лабораторије СРПС EН ИСО 15189:2014, што је и потврђено сертификатом о акредитацији, који је доделило Акредитационо тело Србије - АТС.

Лабораторијске активности Центра за микробиологију, вирусологију и имунологију одвијају се у следећим лабораторијама:

• лабораторија за дијагностику бактеријских и гљивичних инфекција из различитих клинички значајних узорака;
• лабораторија за микобактерије;
• лабораторија за хемокултуре и контролу стерилности;
• лабораторија за имунологију;
• лабораторија за вирусолошка испитивања
• лабораторија за припрему хранљивих подлога и стерилизацију.

Основна делатност Центра је изолација и идентификација бактерија, које су узрочници бактеријских инфекција. Изолација и идентификација узрочника се раде конвенционалним микробиолошким методама и комерцијалним биохемијским тестовима. Тестирање осетљивости узрочника на антибиотике се ради помоћу диск-дифузионе методе и градијента концентрације (Е-тест) за поједине антибиотике, по смерницама стандарда, које препоручује Европски комитет за испитивање осетљивости на антибиотике (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing). У микробиолошкој дијагностици се примењује савремени апарат за континуирано праћење хемокултура, BacT/Alert систем.

У дијагностици микобактеријских обољења осим културе на чврстој подлози по Lowenstein-Jensenu, користи се и BacT/Alert апарат за аутоматизовану дијагностику туберкулозе. Апарат омогућује скраћење времена у дијагностици оболења изазваних бактеријама из рода Mycobacterium.

У лабораторији се изводи QantiFERON-TB Gold Plus (QFT-Plus) дијагностички тест, који је индиректан тест за доказивање инфекције комплексом бактерија M. tuberculosis.

Лабораторија је истовремено и лабораторија III новоа за дијагностику туберкулозе и регионална за подручје целе Војводине, пошто се идентификација до нивоа врсте и тест резистенције за М.tuberculosis pади искључиво у овој лабораторији.

У имунолошкој лабораторији се осим имунодијагностике реуматских и аутоимуних обољења, најсавременијом техником помоћу Uni Cap 100 апарата, испитују групни инхалаторни и нутритивни алергени и одређује еозинофилни катјонски протеин, који прати ток и ефекат лечења упале.

У Центру се раде вирусолошка испитивања, значајна за плућне болести. Ова испитивања се врше ELISA техником, помоћу које се одређују IgM и IgG антитела за вирусе: Adeno, Cytomegalo, Influenza тип А и Б, Coxackie и бактерије: Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia  pneumoniae, Legionella pneumophila, као и за гљивицу Aspergillus fumigatus. Овом техником се доказује Aspergillus галактоманан антиген из серума и бронхоалвеоларне лаваже (БАЛ).

У лабораторији за израду хранљивих подлога се праве све врсте основних и специјалних подлога, пуфера и раствора за потребе Центра, као и за комерцијалну намену.

Центар за микробиологију, вирусологију и имунологију има значајну улогу у програму контроле болничких инфекција. Прати се учесталост појединих узрочника и стање резистенције на антибиотике у болничкој средини, као и надзор над болничком хигијеном, стерилизацијом и дезинфекцијом.

Делатност Центра обављају:

• два лекара специјалиста микробиологије, који су доктори медицинских наука
• лекар на специјализацији и
• четрнаест лабораторијских техничара